Fundada en 1218 por el rey Alfonso IX de León, su organización administrativa y financiera se consolidó a partir de la carta otorgada por el rey Alfonso X, en 1254. Las bulas pontificas de Alejandro IV, expedidas en el año 1255, confirmaron la fundación universitaria, reconocieron la validez universal de sus grados y concedieron el privilegio de tener sello propio.
La regulación de los estudios y vida académica fue obra del Papado en los siglos medievales (constituciones de 1411, de Benedicto XIII; y de 1422, de Martín V), y del Monarca y su Consejo, a través de la figura de los visitadores, a partir del siglo XVI: estatutos de 1538, 1551, 1561, 1594, 1604 y 1618. Las normativas universitarias consagraron ciertos libros, autores y materias, como el derecho romano en Leyes; los decretos pontificios en Cánones; la teología metafísica de escuelas, en Teología; a Galeno e Hipócrates en Medicina; la filosofía de Aristóteles en Artes-Filosofía; a Euclides y Ptolomeo en Astrología/Matemáticas, y los clásicos latinos y griegos.
En el año 1415 se inició la construcción del edificio de las Escuelas Mayores y en 1474 comenzó la construcción de la primera biblioteca universitaria que, hacia ese año, contaba con unos 200 volúmenes; en las décadas siguientes la Universidad irá nutriendo sus fondos e incorporando libros de Humanidades.
La universidad de Salamanca se incorporó, en el tránsito del siglo XV al XVI, a las nuevas corrientes humanistas, que quedarán reflejadas en el magisterio de Antonio de Nebrija. En 1529 Se concluyó la fachada “rica” del edificio de Escuelas Mayores. El siguiente video explica los elementos más importantes de esta fachada.
A principios del Quinientos eran unos 2.500 los estudiantes que se matriculaban cada año en el Estudio salmantino. Por los años centrales del siglo XVI, la confluencia del Derecho, la Teología tomista, las nuevas Lógicas y las Lenguas clásicas cristalizaron en la llamada "Escuela de Salamanca," representada en la figura de Francisco de Vitoria. En el curso 1584/85 los libros de matrícula documentan la presencia de 6.778 estudiantes en la universidad, una de las cifras más altas de matrícula de estudiantes .
Entre los personajes ilustres que pasaron por esta universidad destacan Fernando de Rojas, san Ignacio de Loyola, san Juan de la Cruz, Miguel de Cervantes y Luis de Góngora.
En el presente, se considera una universidad de tamaño medio con unos 30.000 estudiantes matriculados en estudios subgraduados y en programas de Master y doctorado. Es una universidad generalista con una oferta de 81 titulaciones oficiales. Como en la mayor parte de las universidades españolas, la rama de Ciencias Sociales y Jurídicas es la que agrupa un mayor número de estudiantes matriculados. Sin embargo, se puede hablar de una mayor especialización en Humanidades y Experimentales, que suponen respectivamente un 15,31% y un 13, 82% de la matrícula.
La Universidad de Salamanca recibe anualmente a miles de estudiantes extranjeros que vienen a España con distintos programas educativos de intercambio. En el curso 2006/2007 pasaron por sus aulas más de 7.000 estudiantes de español.